Для того, чтобы слить в один файл видео и субтитры воспользуйтесь конвертером Wondershare Video Converter Ultimate.
Некоторые советуют Virtual Dub, но он не хочет просто так проигрывать MP4, а продукт от Wondershare кроме того, что решит вашу задачу без проблем, ещё и пригодится как отличный видеоконвертер для всех форматов.